Il toponimo Girgenti deriva dall’arabo kerkent e ciò ricorda le invasioni che i saraceni anticamente giunsero in questa zona dell’Appennino. Nel Medioevo vi era un castello, di cui è tuttora visibile una torre.

Per più di 700 anni, dal 1143 al 1861, Girgenti è stato un villaggio di frontiera posto nel Regno di Napoli: il paese di Rigatti, sulla collina di fronte, faceva invece parte nello Stato Pontificio. La linea di separazione passava infatti nella valle tra i due paesi. A memoria del secolare confine, la scalinata della chiesa di S. Sisto è oggi abbellita da due colonne di confine del 1847 che riportano da un lato le Chiavi di S. Pietro e dall’altro il Giglio borbonico. In epoca moderna, Girgenti è stata l’unica università posta sulla sponda destra del fiume Salto a far parte dello Stato di Cicoli, feudo di Mareri, Colonna e Barberini. Nel 1806, Girgenti fu aggregato al moderno comune di Pescorocchiano. Inoltre, per secoli Girgenti ha avuto periodiche liti di confine con il vicino villaggio di Tonnicoda.